确切病因尚未明了，可能与以下因素有关。
1.输卵管异常
慢性输卵管炎可导致管腔皱褶粘连、管腔部分阻塞;阑尾炎、盆腔结核、腹膜炎及子宫内膜异位症可导致输卵管周围粘连、输卵管扭曲和僵直，导致输卵管狭窄、部分阻塞或者蠕动异常;盆腔肿瘤的牵拉和压迫使输卵管变得细长、迂曲或管腔部分阻塞、狭窄;输卵管粘连分离术、再通术及伞端造口术后的重度粘连或手术部位瘢痕狭窄、输卵管绝育术后瘘管形成或再通，均可延迟或者阻止受精卵进入宫腔，从而着床在输卵管而发生输卵管妊娠。此外，输卵管发育不良时，输卵管细长且迂曲，肌层发育差，黏膜纤毛缺乏，可影响受精卵的正常运行;输卵管憩室或副伞等先天畸形亦可导致输卵管妊娠。
2.受精卵游走
卵子在一侧输卵管受精，经宫腔进入对侧输卵管后种植(受精卵内游走);或游走于腹腔内，被对侧输卵管拾拣(受精卵外游走)，由于游走时间较长，受精卵发育增大，故种植对侧输卵管而成输卵管妊娠。
3.避孕失败
宫内节育器(IUD)避孕失败而受孕时发生输卵管妊娠的几率增大。使用低剂量孕激素避孕药时，可使输卵管蠕动异常，如排卵未被抑制，可发生输卵管妊娠;使用含有大量雌激素的紧急避孕药避孕失败而受孕者，发生输卵管妊娠的几率也增大。
4.其他
接受辅助生育技术治疗不孕也可以发生输卵管妊娠。内分泌异常、精神紧张也可导致输卵管蠕动异常或痉挛而发生输卵管妊娠。
