前列腺液培养发现已知的尿路致病病原体是选择抗菌药物治疗的依据。若发现泌尿生殖道罕见的病原体或共生菌，则不能确定为致病病原体。非细菌性前列腺炎患者若有细菌感染迹象，经一般疗法治疗无效，亦适宜采用抗菌药物治疗。
抗菌药物的选择需注意前列腺腺泡与微循环间存在由类脂膜构成的前列腺--血屏障，妨碍了水溶性抗生素通过，大大降低了治疗效果。一些细菌分泌糖蛋白基质，阻碍了抗生素与细菌接近。当有前列腺结石存在时，结石可成为细菌的庇护体。上述诸因素构成了慢性细菌性前列腺炎治疗上的困难，需要较长的疗程，且容易复发。
非细菌性前列腺炎是否适宜使用抗菌药物治疗，临床上仍有争论。有证据说明过去曾使用喹诺酮类药物的患者，前列腺液或前列腺按摩后尿培养有假阴性结果。沙眼衣原体和支原体可引起前列腺炎，而普通培养不会有阳性结果。而且有前列腺症状的患者，使用一疗程抗生素治疗，大约40%患者能取得疗效，因此，“无菌性”前列腺炎患者也适宜使用对细菌和支原体有效的药物，如喹诺酮类药物，SMZ-TMP或单用TMP，与四环素、喹诺酮类药物并用或间隔使用。如果抗生素治疗无效，确认为无菌性前列腺炎者，则停用抗生素治疗。
非甾体抗炎药可改善症状，一般使用消炎痛内服或栓剂，中药使用消炎、清热、解毒、软坚药物亦收到一定效果。别嘌醇能降低全身及前列腺液中的尿酸浓度，理论上它作为自由基清除剂，还可清除活性氧成分，减轻炎症，缓解疼痛。不失为可选用的辅助治疗方法。
专家介绍，前列腺炎复发率较高，单用药物治疗还不能完全解决问题，还需配合一些物理治疗，同时调整生活、饮食习惯，才能达到较好的治疗效果。
