外科治疗主要适用于药物难治性癫痫，约占20%-30%。过去由于外科治疗经验少，风险较大，一般特指每个月4次以上发作。不过这并不绝对，有些病灶明确的癫痫类型，虽然发作次数很少，但预期将来不可能靠药物完全控制，而且手术预期效果很好的情况，也应尽早手术。
如颞叶内侧癫痫是成人最常见的癫痫类型，也是药物难治愈的癫痫之一，而外科治疗却效果良好。还由于这些病变有进行性加重的特点，所以一旦“一线”抗癫痫药物无效，就应考虑外科治疗。
新近认为对难治性癫痫不一定在药物治疗失败后才考虑手术，某些癫痫其内在病理学改变难以用药物控制，如Rasmussen脑炎、Lennox-Gastaut 综合征、West综合征、软脑膜血管增生、半球发育不良、半球海绵状血管瘤、局灶性瘢痕、结节硬化、进展性小体积胶质瘤、错构瘤和神经节细胞瘤等。
对小儿不应有手术的最低年龄限制。癫痫发作对未发育成熟大脑的损害较已发育成熟大脑的损害要严重，对小儿癫痫外科手术的效果往往优于成人。
因此应强调对小儿难治性癫痫早期手术，利用大脑尚存的可塑性，可使神经组织有较多机会形成代偿，以求功能最大限度的恢复。近年来，癫痫定位和外科手术技术提高迅速，疗效提高，风险减小，外科手术对于难治性癫痫的疗效已经在临床得到广泛的证实和认同。对于某些难治性癫痫患者手术是其唯一的治疗方法。大部分难治性癫痫是可以通过手术得到治愈或缓解(减少发作次数和降低抗癫痫药物的剂量)。
