病因尚不明了。神经精神因素被认为是一个重要因素。不少病例发病前有神经精神创伤如长期焦急、忧虑、悲伤、精神紧张和情绪不安等现象。有时在病程中，这些精神因素可使病情迅速加重。近年来研究，斑秃的原因与下列因素有关：
1、遗传过敏：约10%～20%的病例有家族史。有报告单卵双生者同时在同一部位发生斑秃，还有报告一家4代均有斑秃，认为是遗传缺陷性疾病。从临床累积的病便看出，具有遗传过敏性体质的人易伴发斑秃。美国统计患斑秃的儿童患者中18%有湿疹或哮喘，或者两者兼有;成人斑秃患者约占9%;全秃的儿童患者比便更高，占23%。日本统计的斑秃患者有遗传过敏体质者占10%，荷兰则高达52.4%。不过荷兰确立遗传过敏体质的依据，是把阳性皮肤试验和遗传过敏家族史者也包括进行了。因此各国家及地区对遗传过敏体质的诊断标准不同，数据也无法进行比较。国内陈盛强做的一项斑秃与人白细胞抗原的相关研究表明：斑秃病人的HLA-A9抗原频率(16.67%)较正常人(32.65%)显著降低，从实验的角度支持斑秃的遗传过敏因素。
2、自身免疫：班秃患者伴有一些自身免疫性疾病的比率比正常人群高。如伴甲状腺疾病者占0～8%;伴白癜风者占4%(正常人仅1%)。而斑秃病人中有关自身抗体的研究报告不一，有说存在的，也有说未找到的。国内张信江的一项关于T细胞亚群及β2微球蛋白的研究中提示斑秃患者存在着T细胞网络紊乱及体液免疫失调。
3、Down综合征：Down综合征中斑秃发生率增高，常为全秃或普秃。这些病人中自身抗体的存在了明显增多。
