感染人类的流感的叁种病毒中，有两种也感染猪只。其中甲型流感病毒普遍见于猪群，而C型则很少见，且还没有关于B型流感病毒感染猪只的报导。在甲型和C型流感病毒中，发现于猪和人的病种之间有很大的区别，虽然由于基因重组，已经存在交叉于猪、禽、和人不同物种的毒株之间基因系列的互相传递。
1.C型流感
C型流感病毒可同时感染人类和猪类，但不感染禽类。人和猪交叉感染曾经发生过例如，C型流感曾在日本及加利福尼亚引发小规模轻微小儿流感。鉴于C型流感病毒之宿主(即寄养群)的极限以及其基因变种的稀少，这种流感没有导致在人类中爆发。
2.甲型流感
猪流感已经被确认是由于甲型流感的H1N1、H1N2、H3N1、H3N2和H2N3的亚型变种造成，全世界最常见的是三种原于甲型流感的病毒(H1N1、H3N2及H1N2)。1988年以前，在美国唯一流行于猪只间的是H1N1亚型病毒，从1998年8月底至今，H3N2亚型病毒己从猪只中提取出来。到2004年为止，从美国猪只及火鸡中提取出来的H3N2病毒包含了人类(HA、NA及PB1)、猪(NS、NP及M)及禽(PB2及PA)的三类毒株基因的三重交叉组合。
