1.病原性治疗
病毒性肠炎通常不需要病原性治疗，可以自愈。对于细菌性肠炎，最好根据细菌药物敏感试验的结果选择抗菌药物。对于细菌性痢疾，由于痢疾杆菌对常用抗菌药物广泛耐药，一般可选用复方磺胺甲噁唑（复方新诺明）、嘧霉胺、庆大霉素、丁胺卡那霉素等。空肠弯曲菌肠炎可以用红霉素、庆大霉素、氯霉素等治疗。耶尔森氏菌肠炎通常用庆大霉素、卡那霉素、磺胺甲噁唑、四环素和氯霉素治疗。沙门氏菌肠炎的轻症病例可以不使用抗菌素，重症病例可以使用氯霉素或复方磺胺甲噁唑治疗。侵袭性大肠杆菌肠炎可以用新霉素、粘菌素和庆大霉素治疗，效果良好。由阿米巴痢疾、鼠疫耶尔森菌和毛滴虫引起的肠炎可以用甲硝唑（Methotrexate）治疗。血吸虫病可以用吡喹酮治疗。白色念珠菌性肠炎用支原体口服液治疗效果更好。有系统性真菌感染者用苯海拉明B治疗。
2.对症治疗
补充液体，纠正电解质和酸中毒。对于轻度脱水和不太严重的呕吐，可给予口服补液。WHO推荐的口服液配方是氯化钠、碳酸氢钠、氯化钾、葡萄糖或蔗糖加水。如果脱水或呕吐严重，可以静脉注射生理盐水、等渗碳酸氢钠和氯化钾溶液，以及葡萄糖。
减少肠道运动和分泌的药物。可少量应用阿托品、颠茄和丙磺舒，以减少肠道蠕动，并可缓解疼痛和腹泻。也可应用氯丙嗪，它具有镇静作用，可抑制肠毒素引起的肠粘膜过度分泌，导致粪便的数量和体积减少。
