子宫内膜异位症累及卵巢多见60%～80%形成囊肿。卵巢巧克力囊肿破裂发病有逐年上升的趋势卵巢巧克力囊肿具有较强的自发破裂倾向故异位于卵巢表浅部位的卵巢巧克力囊肿常有破裂发生。在内膜异位症术中其破裂发生率为4.2%，实际发生率可能较此数字为高;而因卵巢巧克力囊肿恶变引起的自发性穿孔破裂则少见。
卵巢子宫内膜异位囊肿在下列情况下可以发生破裂：
1.经前或经期反复出血使囊内压增加。
2.妊娠期孕激素水平增高或使用外源性孕激素治疗时，孕激素使囊壁血管增生、充血水肿、组织软化而致破裂。
3.排卵口的存在也可致囊肿破裂。
4.因受外力挤压性生活受压或妇科检查也可使囊肿破裂。
卵巢巧克力囊肿常为双侧性囊肿早期表面光滑囊壁较薄，随月经周期反复出血而发生纤维性增厚粗糙与阔韧带、子宫及附件发生粘连，囊壁即变为厚薄不均及质脆。当囊壁血管充血、组织软化或月经期出血、囊内压增高或同时受外力影响(如腹压增高)时，则易导致囊肿破裂。
卵巢巧克力囊肿破裂时，按囊液流出多寡，产生腹痛的轻重程度也不一。如破裂孔小，内容物流出不多，引起局部炎性反应和纤维组织增生，很快被周围组织包围粘连。溢入盆腔的陈旧血内如含有活的内膜，可继发种植于腹腔内使病情进一步发展卵巢子宫内膜异位囊肿裂口大，内容物流出多，则发生剧烈腹痛，形成急腹症。
