1.确诊后宜立即手术，因流出的囊液可引起盆腔粘连、不育或异位内膜的再次播散和种植。
2.年轻未生育者在吸引和彻底冲洗吸引溢入盆腔内的囊液后，做囊肿剥出术，尽量保存正常卵巢组织，对维持卵巢功能和内分泌功能有助，对日后增加孕育机会也有助。
3.双侧卵巢受累，原则上也尽量做囊肿剥出术，若囊肿与周围组织粘连紧密，强行剥出易损伤脏器时，则可用无水酒精涂在囊腔内，使囊腔内上皮层坏死，以免日后复发，术后仍宜用药物治疗。
4.对年龄较大且已有子女对侧卵巢正常、子宫无受累者为避免日后复发，也可考虑作患侧附件切除。
5.卵巢巧克力囊肿破裂者手术时宜彻底清洗腹腔，尽量切除病灶，松解粘连，术后关腹前，腹腔内放入庆大霉素8 万U，地塞米松5mg，玻璃酸酶(透明质酸酶)1000U，生理盐水250ml，以防术后粘连。
6.术后一般仍宜服用治疗子宫内膜异位症的药物，以防止肉眼未能检出的病灶或囊液污染腹腔引起新的播散和种植病灶的产生。
7.药物治疗
(1)高效孕激素：单纯高效孕激素治疗可抑制子宫内膜增生，使异位的宫内膜萎缩，患者出现停经。一般采用甲羟孕酮(甲孕酮)、炔诺孕酮(18-甲基炔诺酮)等。治疗期间如出现突破性阴道出血，可加少量雌激素，如炔雌醇0.03mg/d 或结合雌激素(倍美力)0.625mg/d。治疗后的妊娠率与假孕疗法相当，但副反应较轻，患者多能坚持治疗。
(2)达那唑(Danazol)：是一种人工合成的17α-乙炔睾酮的衍生物，具有轻度雄激素活性。它通过抑制垂体促性腺激素的合成与分泌，以抑制卵泡的发育，使血浆雌激素水平降低;同时，它还可能与雌激素受体结合，导致子宫内膜和异位的子宫内膜萎缩，患者出现闭经，因而又称此种治疗为假绝经疗法。体外实验证明达那唑可抑制淋巴细胞增生和自身抗体的产生，具有免疫抑制作用。推测达那唑还可能通过净化盆腔内环境，减少自身抗体的产生等而提高受孕能力。常用剂量为400～600mg/d，分2～3 次口服，于月经期第1 天开始服药，连续6 个月。症状缓解率达90%～100%，停药1～2 个月内可恢复排卵。治疗后的妊娠率为30%～50%。若1 年内未妊娠，其复发率为23%～30%。
达那唑的不良反应，除可出现痤疮，乳房变小、毛发增多，声调低沉及体重增加等轻度男性化表现外，少数可致肝脏损害，出现血清转氨酶升高，故治疗期间需定期检查肝功能，如发现异常应及时停药，一般在停药2～3 周后肝功能可恢复正常。
(3)孕叁烯酮(18-甲基叁稀炔诺酮)：为19-去甲睾酮的衍生物，作用机制与达那唑相似，但雄激素作用较弱。由于它在体内的半衰期较长，故不必每天服药。通常从月经期第1 天开始服药，每次服2.5mg，每周服2 次。治疗后的妊娠率与达那唑相近，但不良反应较轻，较少出现肝脏损害，停药后的复发率亦较高。有人报道停药1 年的复发率为25%。
(4)促性腺激素释放激素动剂(GnRH-a)：是人工合成的10 肽类化合物，其作用与垂体促性腺激素释放激素(GnRH)相同，但其活性比GnRH 强50～100 倍。持续给予GnRH-a 后，垂体的GnRH 受体将被耗尽而呈现降调作用，使促性腺激素分泌减少，卵巢功能明显受抑制而闭经。体内雌激素水平极低，故一般称之为“药物性卵巢切除”。
