肾结核的预后在抗结核药广泛应用的前后大不一样。在过去无抗结核药物时代，如果肾结核不予药物，不作手术的病例，从临床出现症状起，生存5年者不足30%;能生存10年者不足10%;而经肾切除治疗的病人有55～60%的病例可望治愈。在应用抗结核药物治疗后的死亡率已低于4%。
影响肾结核预后的因素有下列几种：
(一)全身情况和泌尿系外的结核病状况肾结核病人如果全身情况良好，泌尿系外结核病轻而稳定，则肾结核治疗效果较好。若全身情况不好，又有其他器官严重结核，则肾结核的手术后死亡率显著增高。
(二)膀胱结核的有无和结核病变的严重程度膀胱结核的严重程度对预后的影响极大。肾结核在病灶波及膀胱之前进行病肾切除，或在早期输尿管阻塞的肾结核病例切除病肾，则病人可全部恢复，并不遗留泌尿系的后遗症或饼发症。Himman指出肾切除术前膀胱未被结核侵犯者，则5年治愈率达100%，若一旦膀胱被侵及，则5年生存率下降至60%。据上海中山医院肾结核207例肾切除随访情况观察，病肾切除前膀胱结核性炎症存在不满1年者术后68.7%结果满意，而炎症已达1～6年者术后53.6%情况不满意。由此可见，结核性膀胱炎存在之时间与预后亦有很大关系。实际上炎症时间的长短提示炎症深入膀胱壁之深浅，代表着膀胱挛缩的机会。
(三)对侧肾有无结核病变和功能情况 结核肾脏切除的病人，其对侧肾的情况对预后至关重要。在应用抗结核药前的一组1，131例结核肾切除病例统计，对侧肾尿液显微镜检查正常者，则5年中65.2%治愈，20.3%死亡;对侧肾尿结核杆菌动物接种阴性者，则5年中75.2%治愈，13.3%死亡;而对侧肾尿结核杆菌阳性者，则5年中21.8%治愈，41.8%死亡。而在应用抗结核药后情况就完全改变了，双侧肾结核病例5年内死亡率从80%下降到8%。
(四)治疗的时机和正确性 随着抗结核药的不断发展，肾结核的治疗原则有了显著改变，大多数病例可以通过药物治疗得到痊愈。早期诊断和及时的确切治疗是治疗肾结核的关键。治疗措施必须符合具体情况的要求才能取得好的效果。不少学者认为早期的泌尿系结核 几乎没有不能通过长期使用抗结核药物治愈的。国外已很少为泌尿系结核病人进行手术处理，甚至有人认为药物治疗可以代替手术。但这种看法是不恰当的。对有些病例，如无功能肾或功能很差的一侧肾结核，或一些血运差、封闭堵塞性空洞，或病变广泛、破坏严重的病灶，抗结核药不能进入的病例，均需施行手术治疗。尤其是要掌握结核性膀胱炎的程度比较轻，炎症的时间比较短的时机对结核性病肾及时手术处理可以取得满意效果。对于肾结核而发生晚期并发症的病例，也必需采用手术进行治疗。
