1.查治病人和带虫者以控制传染源，特别要发现和治疗从事饮食工作的包囊携带者及慢性患者，必要时应予鉴别虫种，决定治疗对策。
2.管理粪便，保护水源为切断阿米巴病传播途径的主要环节。因地制宜进行粪便无害化处理，杀灭其中包囊，并严密防止粪便污染水源，应是防制阿米巴病的关键措施。
3.注意饮食饮水卫生，养成良好个人习惯，消灭害虫，搞好环境卫生，防止病从口入，均属保护易感人群的有力措施。
4.抗虫治疗目前以甲硝咪唑(灭滴灵metronidazole)为急性阿米巴病(包括不同部位的脓肿)的首选药物，口服吸收良好，副作用少，但到达结肠浓度偏低，单纯用于治疗带虫者的效果并不理想。根治肠阿米巴病应配伍用喹碘方(chiniofon)、碘氯羟喹(vioform)等对肠腔型阿米巴有效的喹啉类药物。氯喹亦为治疗肠外阿米巴病的有效药物。中药鸦胆子仁、大蒜素、白头翁等也有一定疗效，且副作用小。
