一、易打乱女性内分泌：目前在临床上，使用于药流的药物对人体会产生一定的副作用，会破坏免疫系统和肝功能，影响内分泌和卵巢功能，所以，在药流后常出现月经失调，正是因为这种药物打乱了女性的内分泌系统。
二、药流成功率低：药物流产虽然方便、简单，但药流的成功率低，仅有85%的完全流产率，而药流不彻底时，只能通过清宫才能达到流产目的，如果药流不干净时不及时清宫，很容易导致血崩，严重的甚至会危及到生命。
三、药流术后易感染：药流不干净时，阴道出血时间较长，本来做药流对女性来说都有损伤，而长时间的流血，更是让女性的身体变得很虚弱，抵抗力也差，如果护理不当，很容易导致感染，引发炎症，造成盆腔炎、阴道炎、附件炎等各种妇科炎症疾病出现。
四、影响以后妊娠：育龄女性如反复妊娠、反复流产会造成子宫内膜反复受损。由于子宫内膜有损伤，做过药流的女性需要再次妊娠时，易发生前置胎盘，可引起产前大出血，甚至发生习惯性流产。
五、药流易造成不孕：药流易导致输卵管堵塞，宫颈粘连，造成不孕;药流不干净，清宫手术不当，也有可能造成不孕;药流对子宫和卵巢的伤害过大，因此也是造成不孕的原因之一。
