根据《世界卫生组织关于不育症夫妇标准化检测和诊断手册》及WHO男性不育诊断程序表，男性不育病因诊断可分为16类：
1、性功能障碍
包括阳痿、性交过频或过少、不射精、早泄(包括因解剖异常，如尿道下裂而使精液不能排入阴道)、逆行射精(精液不排出体外而逆行进入膀胱，这些病人收集性交后的尿液检查可发现活精子)。
2、根据精子和精浆检查来确定诊断：
(1)男性免疫性不育：50％活动精子有抗精子抗体包裹，这类病人须做其他辅助检查。
(2)不明原因不育：性功能正常，精子和精浆检查正常。
(3)单纯精浆异常：这类病人未发现有附属性腺感染或其他病变，单纯精浆异常引起不育的意义尚不清楚。
3、具有肯定病因的男性不育病因分类 具有影响男性生殖的肯定病因而精液检查又属无精子症或精子和/或精浆异常者：
(1)医源性因素：由于药物或手术等医疗的原因造成精子异常。
(2)全身性原因：具有全身性疾病、酗酒、吸毒、环境因素，近期高热或纤毛不动综合征(精子活力差，伴有慢性上呼吸道疾病等病史)。
(3)先天性异常：包括隐睾，或细胞核型分析异常引起精子异常，以及由于先天性精囊和/或输精管道发育不全引起的无精子症，以及其他影响生育能力的先天性疾病。
(4)后天性睾丸损害：如腮腺炎引起睾丸炎或其他引起睾丸损害因素造成睾丸萎缩、睾丸体积<15ml，同时出现精子异常者。
(5)精索静脉曲张，同时伴有精子和/或精浆异常造成不育如有精索静脉曲张而精液分析正常者则应按不明原因不育分类。
(6)男性附属性腺感染不育：如果患者有少精子症、弱精子症或畸形精子增多症且具备下列标准时。
具备以上各项检查，且存在下列任何组合，可诊断为男性附属性腺感染不育：前列腺炎的病史或体征;或精液检查异常的病史或体征;或前列腺炎表现伴随射精精液异常;或在每份精液检查中至少两种异常。
(7)内分泌原因：可能有性腺功能低下的体征，血性激素测定FSH正常，而睾酮低或PRL测定反复增高。这些病例须进一步检查以明确诊断，如视野、蝶鞍扫描、LHRH、TRH等。
4、其他 没有查出肯定的病因而仅仅出现精液检查异常的，如少精子症、弱精子症、畸形精子增多症或无精子症，按下列标准诊断：
(1)特发性少精子症：有精子而精子密度<20×106/ml。
(2)特发性弱精子症：精子密度正常而快速前向运动的精子<25％。
(3)特发性畸形精子症：精子密度和活力正常，但精子头部正常形态<30％。
(4)梗阻性无精子症：精液检查无精子，而睾丸活检证明曲细精管有精子发生，若不做睾丸活检则可凭睾丸体积正常(总体积≥30ml)而FSH也正常来做出初步诊断。
(5)特发性无精子症：没有查明原因而精液中无精子，同时伴有睾丸体积缩小(睾丸总体积<30ml)、FSH增高，或做睾丸活检证实曲细精管无精子发生。
