有多种病因和因素导致，分为三类：内在的、感染性的和非感染性的。
1.内在因素
（1）消化系统不成熟：婴儿期胃酸和消化酶分泌不足，消化酶活性低，神经系统对胃肠道的调节能力差，对食物的质和量不易适应，且生长发育快，对营养物质的需要量比较大，胃肠道负担重，消化功能常处于紧张状态，易发生消化道疾病。
（2）身体防御功能差。婴儿期免疫功能相对不成熟，血液中免疫球蛋白和胃肠道SIgA较低，胃肠道屏障功能弱，胃酸分泌少，胃肠道排空较快，对感染性因素的防御功能差，另外，新生儿出生后尚未建立完善的肠道正常菌群。侵入肠道的病原微生物拮抗能力弱，人工喂养的食物 肠道感染的发生率明显高于母乳喂养的孩子，因为母乳中含有的免疫物质缺乏，食物和食具被污染的机会较多。
（3）体液分布特点：婴儿细胞间液较多，水代谢旺盛，肾功能调节差，易发生体液紊乱。
2.感染性因素
3.非感染性因素
主要是饮食因素、气候因素和过敏因素，喂养不当是腹泻的主要原因之一，过早喂养大量淀粉类、脂肪类食物，突然改变食物品种和断奶均可导致腹泻，气候突然变化。使肠道蠕动增加，消化酶和胃酸分泌减少，可诱发腹泻，一些吸收 腹泻可由一些吸收不良综合征引起，如乳糖不耐受、糖原性腹泻、先天性氯化物腹泻、遗传性果糖不耐受、胰腺囊性纤维化、原发性肠道吸收不良等等。对牛奶蛋白过敏的人，在吃了牛奶后48h会出现水样腹泻。
