1、高位瘘管未处理
由于高位肛瘘涉及肛直环，担心手术切开或挂线后，导致便失禁，所以常常只切开齿线下的瘘管，深向直肠腔的瘘管未予处理。这是笔者在临床上遇到复发病例最多的一种情况。向上的这段瘘管无论如何换药，就是反复感染，往往再次手术方法不当，术后还是复发。
2、方法不当
有些手术方法目前还处于探索阶段，效果不确定，术后复发的可能性要大。
PPH是治痔疮的，怎么会用来治疗肛瘘，术者的解释是封闭内口。三次手术失败后，术者让患者不要吃饭，说不吃就不拉，不拉内口就不会感染，这样也许能好。但最终的结果是不得不再做第四次手术。
3、内口定位错误
内口是肛瘘的感染源，肠腔的致病菌正是从内口进入肛周才引起肛周脓肿和肛瘘的，一般位于肛门内3～4cm处的直肠和肛管交界处。外口是感染病灶的溃破口，多数在肛缘外，也有少数在肛内。肛瘘手术的成败最重要的因素在于准确定位内口和充分切开内口。
肛瘘外口多是显性的，内口则90%以上是隐性的。临床上寻找内口的最主要方法是从瘘管内探查或指诊触摸。由于很多肛瘘迁延日久，瘘管内反复感染形成粘连而堵塞不通，就无法通过探查和造影的方法来寻找。对于瘘管弯曲、多外口的复杂瘘同样也无法探查。如果没有一定的临床经验，没有掌握肛瘘内口的形成规律，往往在术中只切开了部分瘘管，真正的内口仍存，导致术后复发。
4、挂线术盲目人为制造内口
挂线术是中医传统疗法，也是目前临床治疗肛瘘采用的最主要方法，其原理是利用胶线的弹力收缩，慢性勒割管壁，敞开瘘管而起到治疗作用。但我们发现挂线术不仅存在痛苦大、愈合时间长、对肛门括约肌损伤重等缺点外，还有相当高的复发率。
