肝内胆管结石与肝脏代谢、胆道炎症及寄生虫病关系密切，常有发热、腹痛、黄疸等。典型的B超特征是沿肝内胆管分布之强回声光团伴后方干净声影及远端小胆管扩张。胆管结石多为胆色素性结石，钙含量一般较低，CT 见扩张胆管内稍高或高密度结石影，CT值测定多在50～100HU之间，明显低于以钙质为主要成分的肝内钙化灶。但有的胆管结石较小，钙含量较高，无胆管扩张，则不易与肝内钙化灶区别，行胆管造影有助于二者鉴别，如肝内胆管内见充盈缺损影，即可确诊为肝胆管结石。
肝内钙化灶是肝实质细胞炎症后形成的"疤",一般无大碍,部分患者可能和肝内胆管结石患者一样会有肝区闷胀感觉,如确诊一般不需治疗.肝内有钙化点可能是肝内胆管壁部分钙化.它的原因多由于炎症、结核等引起，也可能是肝组织局部坏死后的纤维化瘢痕。随B超检查技术在各级医院的普及和开展，不少健康人群查体时发现肝内有类似结石的强回声团及声影，不少人误认为患了肝内胆管结石,但不引起肝胆管扩张。而结石在阻塞部位以上的小胆管有扩张，而且结石的强回声团具有沿左右肝管走向分布的特点。而CT值测定多在100～200HU以上。
