由子宫解剖学异常引起的复发性流产占复发性流产的12-15%，包括各种先天性子宫畸形、子宫粘连、子宫肌瘤或腺肌症和宫颈机能不全。大多数由这些因素引起的复发性流产都是晚期（常常发生在13周以后）或早产，流产时的胚胎组织相对新鲜。如果相关因素没有得到纠正，流产的复发率就会很高。
1.子宫畸形。子宫异常有许多不同的类型，与流产相关的主要是纵隔子宫、双角子宫、单角子宫和子宫发育不良。
2.宫腔粘连：指宫腔相互粘连，见于各种原因引起的子宫内膜以及肌层损伤。主要表现为月经减少，甚至闭经以及流产和不孕的症状。
3、宫颈机能不全。这是一种先天性或后天性的宫颈内口形态结构和功能的异常，在非分娩状态下引起宫颈的病理性扩张，是晚期复发性流产和早产的原因之一。孕妇宫颈机能不全的发生率为0.05%-0.8%，初产妇罕见，多见于月经期妇女。其原因见于：分娩时的宫颈损伤、宫颈锥切术后、宫颈发育不良。
