当溃疡穿透浆膜层并到达游离腹腔时，可发生急性穿孔；如果溃疡穿透并粘附在邻近器官和组织上，称为穿透性溃疡或溃疡慢性穿孔，当后壁穿孔或穿孔较小，仅引起局限性腹膜炎时，称为亚急性穿孔。
在急性穿孔中，由于十二指肠或胃的内容物流入腹腔，导致急性弥漫性腹膜炎，突然出现剧烈腹痛，常从右上腹或中上腹开始，持续并较快地扩散到脐部和全腹，由于胃肠渗漏对膈肌的刺激，疼痛可放射到一侧肩膀（主要是右侧）。
如果漏出的内容物沿肠系膜根部流入右下腹腔，可引起右下腹疼痛，类似急性阑尾炎穿孔，翻身、咳嗽等动作可使腹痛加剧，因此病人常卧床不起，双腿蜷缩，不愿活动。腹痛常伴有恶心、呕吐，病人烦躁不安，面色苍白，四肢湿冷，心动过速，如果穿孔发生在饱餐之后，胃内容物漏出较多 病人腹肌高度强直，全腹压痛、反跳痛。如果漏出量少，腹肌强直，压力和反跳痛可局限于中上腹附近，肠鸣音减弱或消失，肝浊音减弱或消失，说明存在气腹，如胃肠内容物流入盆腔。
直肠触诊可发现右直肠凹陷处有压痛，外周血白细胞计数和中性粒细胞增多。腹部放射线检查多能发现膈下游离气体，可以证实胃肠道穿孔的存在；但是，没有膈下游离气体也不能排除穿孔的存在。
亚急性或慢性穿孔没有急性穿孔那么严重，可能只引起有限的腹膜炎、肠粘连或肠梗阻的迹象，并在短时间内看到改善。
