西红柿上主要病害有早疫病、晚疫病、灰霉病、叶霉病、病毒病等，主要虫害有白粉虱、蚜虫等。
一、播种期防治
1、因地制宜选用商品性好、产量高的抗(耐)病品种，如毛粉802、佳粉17、佳粉10号等。
2、种子处理：利用高温对种子进行处理，杀死表面附着的病原菌。针对当地的主要病害选用下述消毒方法。
(1)温汤浸种：把种子放入55℃热水，维持水温均匀浸泡15分钟，主要防治叶霉病、溃疡病、早疫病。
(2)磷酸三钠浸种：先用清水浸种3-4小时，再放入10%磷酸三钠溶液中浸泡20分钟，捞出洗净，主要防治病毒病。
3、苗床消毒：用50%多菌灵可湿性粉剂与50%福美双可湿性粉剂按1：1混合，或25%甲霜灵可湿性粉剂与70%代森锰锌可湿性粉剂按9：1混合，按每平方米用药8—10克与15—30公斤细土混合。播种时1/3铺在床面，其余2/3盖在种子上。
4、安装防虫网：棚室的放风口用防虫网封闭，孔径为25-40目，幅宽1-1.2米，覆盖在放风口处。
二、生长期防治
(一)灰霉病 棚室种植的番茄发病重。
1、适当增施磷钾肥，提高植株抗病能力。采用滴灌、膜下暗灌技术，防止大水漫灌。发病初期及时摘除残留花瓣及柱头,清除病叶、病果，拔除病株，防止病害蔓延。
2、生态防治：以增温、排湿为目标，加强通风管理。具体做法是：晴天上午先闭棚升温，当温度达28-30摄氏度时持续1小时后开始放顶风;中午继续放风，温度保持在20-25摄氏度;下午温度到18-20摄氏度时关闭通风口;夜温保持在14-16摄氏度，相对湿度保持在70%-80%。阴天也要在中午短时通风换气。
3、药剂防治：烟剂熏蒸、粉尘法防治病虫，同常规喷雾相比具有不增加棚内湿度、减轻劳动强度、节省农药等优点，根据具体情况可选用不同的施药方法。
(1)科学喷花：喷花时，在配好的药液中加入0.1%速克灵可湿粉及少量链霉素水剂，可预防病菌从开败的花处侵染果实。
