除极少见的未分化癌，手术疗效不大（多半仅仅气管切除解除气道梗阻，生存期为3月到半年），少见的髓样癌（血降钙素升高是其诊断特异性指标）全切和至少中央区淋巴结清扫外，一般分化型甲状腺癌，尤其是最常见的乳头状癌，手术范围存在较大差异（滤泡状甲状腺癌，容易血行转移到肺骨，不容易转移到颈淋巴结，通常全切加术后碘131治疗）。
甲状腺附近存在纤细的喉返神经，其支配双侧的声门活动，一侧损伤导致声音嘶哑，双侧损伤还可能导致呼吸困难。双侧甲状腺叶上部和下部附近还存在米粒或绿豆大小的甲状旁腺，主管身体的钙磷代谢，损伤或切除1-2个旁腺，不会带来后果，但是，损伤全部旁腺，会发生手足麻木、抽筋，甚至喉痉挛。这就是双侧全切，+/-双侧或单侧中央区淋巴结清扫带来的风险，声带麻痹或旁腺损伤；此外，全切手术后需要终身替代的甲状腺素剂量要增加。
但是，只做一侧手术，虽然手术风险明显减少，术后服药剂量减少，但是手术有可能不彻底，术后也无法完成放射性碘131治疗（如果存在正常的甲状腺组织，碘131优先进入，影响转移灶的摄碘治疗效果），也不便于采用Tg来监控是否复发。
那么甲状腺手术，到底是切一侧，还是双侧为好？有时医师或患方也难以抉择。
一般来说，肿瘤小于1.5cm，特别是小于1cm，没有侵犯甲状腺被膜，无明显淋巴结转移的乳头状癌，一侧甲状腺切除已经足够。
肿瘤大于4cm，或者侵犯包膜外结构，如气管、食管、神经、血管、广泛皮肤，或者广泛颈淋巴结转移，或者穿刺细胞学检查显示肿瘤恶性程度差，肿瘤基因检测BRAF+，或者已经存在肺骨转移，必须做全切，术后进行碘131清甲或清灶（我们认为是碘131治疗的绝对指正或刚性需求），口服甲状腺素的剂量也要大些（医学术语叫“抑制治疗”）。一般来说，甲状腺癌，对化疗（如5氟尿嘧啶，顺铂等）和外放疗没有多大疗效，不常规使用。仅无法切除或者切干净，才考虑放疗，或者靶向药物治疗（但疗效也有限，副作用大，价格昂贵）。所以，早期发现，早期规范手术仍然是非常重要的。
肿瘤介于1-4cm，根据具体情况加以考虑，可以全切或一侧切除，新的国际指南也是这样。肿瘤直径越大，越是多灶，淋巴结转移越多，男性，对侧存在结节，有甲状腺癌家族史，越偏向全切。
因为甲状腺左右两叶，通过峡部腺体相连，没有明确分界，易发生腺内转移，也有多发甲状腺微小病灶同时发生，淋巴血运丰富，可发生淋巴转移和血运转移，所以有时即使“早期”甲状腺癌完成全切，也有合理性。但是，也由于大部分乳头状癌特别是微小乳头状癌，低度恶性，即生物学行为惰性，发展缓慢，不容易转移，可以一侧切除加中央区淋巴结清扫（我们编写的中国指南，术后优甲乐等抑制治疗要轻，如TSH在1.0左右，无须不能碘131治疗），甚至有人提出观察。我们限定观察病例为小于5mm，没有包膜侵犯，没有淋巴结转移，老年女性，定期随访监控。到底采用何种手术方式，更准确合理，还会争论，最后可能需要基因层面分子生物学恶性行为的个体化诊断和治疗，即个体化的精准医学，探索之路还会漫长。
良性结节，一般要大于3-5cm，才考虑手术。单个结节，怀疑腺瘤，或滤泡性肿瘤，或男性，2-2.5cm，可以考虑手术根据穿刺或术中冰冻，甚至术后病理，做部分，腺叶，甚至全切术。多发结节主张全切，彻底，一劳永逸，但是一定要防止旁腺或神经损伤并发症，我们曾经有病例，每5-10年手术一次，到我们这里是5次手术。
至于淋巴结清扫的范围，一般强调常规同侧中央区清扫（即气管前、气管旁，喉前，相当于“内环”也有专家认为，中央区淋巴结就是原发病灶）。颈侧区清扫（沿颈动脉静脉鞘，IIa区、III区、IV区，相当于“中环”），只有手摸明显，或超声或增强CT诊断提示时才做改良性清扫，一般不做预防性清扫。淋巴结转移厉害时，还需要清扫IIb，V区淋巴结（颈部侧后方，相当于“外环”）。有时胸骨后气管旁淋巴结，即VII区淋巴结也需要清扫。特别注意淋巴结，包括周围脂肪、结蹄组织的整体彻底清扫，而不是“摘草莓式”切除，因为可能遗留微小的转移淋巴结。淋巴结转移，对碘131治疗效果差，故手术切除不要遗漏。还有注意防止损伤颈部舌下神经、乳糜淋巴管、血管等重要结构。也有专家认为，淋巴结转移不影响患者预后和生存率，不要过度清扫淋巴结，导致旁腺损伤，如中央区不明显，不予清扫，复发淋巴结不大于10mm，不予追加手术清扫，以保护患者生活质量，值得参考。
至于采用胸乳途径腔镜或者颈部小切口腔镜辅助，甚至经口手术，只要医生经验丰富、肿瘤不要太晚，病人强烈愿意颈部无疤或者小疤，都是可以考虑，手术的原则和范围，和常规开放手术是一致的。
