临床诊断主要依靠流行病学资料、临床表现和实验室检查的综合分析，确诊有赖于血清学和病源学检查。
(一)流行病学资料 本病多见于7～9三个月内，南方稍早、北方稍迟。10岁以下儿童发病率最高。
(二)主要症状和体征 起病急、有高热、头痛、呕吐、嗜睡等表现。重症患者有昏迷、抽搐、吞咽困难、呛咳和呼吸衰竭等症状。体征有脑膜刺激征、浅反射消失、深反射亢进、强直性瘫痪和阳性病反射等。
(三)实验室检查
1.血象 白细胞总数常在1万～2万/mm3，中性粒细胞在80%以上;在流行后其的少数轻型患者中，血象可在正常范围内。
2.脑脊液 呈无色透明，压力仅轻度增高，白细胞计数增加，在50～500/mm3，个别可高达1000/mm3以上。病初2～3天以中性粒细胞为主，以后则单核细胞增多。糖正常或偏高，蛋白质常轻度增高，氯化物正常。病初1～3天内，脑脊液检查在少数病例可呈阴性。
3.病毒分离 病程1周内死亡病例脑组织中可分离到乙脑病毒，也可用免疫荧光(ift)在脑组织中找到病毒抗原。从脑脊液或血清中不易分离到病毒。
4.血清学检查
⑴补体结合试验：阳性出现较晚，一般只用于回顾性诊断和当年隐性感染者的调查。
⑵中和试验：特异性较高，但方法复杂，抗体可持续10多年，仅用于流行病学调查。
⑶血凝抑制试验：抗体产生早，敏感性高、持续久，但特异性较差，有时出现假阳性。可用于诊断和流行病学调查。
⑷特异性igm抗体测定：特异性igm抗体在感染后4天即可出现，2～3周内达高峰，血或脑脊液中特异性igm抗体在3周内阳性率达70%～90%，可作早期诊断，与血凝抑制试验同时测定，符合率可达95%。
⑸特异性igm抗体测定：恢复期抗体滴度比急性期有4倍以上升高者有诊断价值。
⑹单克隆抗体反向血凝抑制试验：应用乙脑单克隆抗体致敏羊血球的反向被动血凝抑制试验，阳性率为83%，方法简便、快速，已有试剂盒商品供应，无需特殊设备。
5.te-99mhmpao(hexamythyl propyleneamine cxime)脑部单中子发射ct(specr)检查 有人应用te-99m
