扁桃体是具有免疫功能的外周淋巴组织，是咽淋巴内环的一部分，有防御细菌和其它外来因子入侵的作用。研究证明扁桃体能产生各种免疫球蛋白，还有T 和B 淋巴细胞，因此，小儿扁桃体在机体免疫功能中起到一定的作用，那么，由于各种原因需要切除儿童扁桃体，这会影响免疫功能吗？
有研究检测儿童血清IgG、IgA 和IgM 的水平，手术后1 周、3 个月和6 个月与手术前比较，检测值无明显变化，均处于正常范围之内，表明手术对患者免疫系统无影响，对一般儿童来说，不会因切除扁桃体而产生免疫缺陷。还有研究观察到扁桃体切除术后5年以上(平均20.5年)、切除时年龄10岁以上(平均21.5岁)的病例与未行扁桃体切除的对照组进行术后病史问卷调查和相关免疫学指标检测比较，血清IgA和中性粒细胞绝对数值在正常范围内，观察组病例术后上呼吸道感染发生频率、免疫相关性疾病罹患率均未高于对照组，表明人体一般健康状况和整体免疫功能无明显远期影响。
此外，在外周免疫器官中，以脾脏和淋巴结的免疫功能为主，扁桃体的免疫作用处于次要地位。
另外一方面，反复发作的慢性扁桃体炎不仅不具备免疫功能，反而成了感染散播的病灶， 一旦患上慢性扁桃体炎，就会加大感染急性肾炎、心内膜炎和风湿病等并发症的风险，肥大的扁桃体会引起响鼾憋气，影响身体发育和记忆力，有“百害而无一利”，因此，扁桃体切除手术非常必要，并且不会影响身体健康。
