沙眼衣原体属于革兰氏阴性菌，对许多抗生素、磺胺药敏感，能抑制其生长。所以沙眼衣原体治疗不很难，难于它的早期症状不明显，不能及时做到早期发现早期治疗，导致迁延引发较为严重的疾病。由于男女生殖器官结构的不同，各自症状也会各有不同：
1、男性感染：主要为尿道炎，潜伏期1～3周。临床表现为尿道黏液性或黏液脓性分泌物，并有尿痛、尿道不适等症状。临床表现轻者无症状，重者有直肠疼痛、出血、腹泻及黏液性分泌物。
2、女性感染：女性主要发生宫颈炎和尿道炎，70%～90%的妇女宫颈沙眼衣原体感染无症状，可持续数月至数年。有症状发生时，可出现阴道分泌物异常，非月经期或性交后出血。尿道炎的症状有排尿困难、尿频、尿急等。衣原体宫颈感染如不治疗，可向上发展发生盆腔炎。
3、母婴传播：孕妇的生殖道沙眼衣原体感染可增加早产、低出生体重和胎膜早破的危险性。如未经有效治疗，可传染新生儿，引起新生儿眼炎及肺炎。
沙眼衣原体对输卵管情有独钟
如果女性生殖系统包括盆腔、输卵管等感染上沙眼衣原体。由于沙眼衣原体是能引起免疫反应的微生物，它造成的免疫反应会导致输卵管不通或者通而不畅，这个反应可能持续几个月或者几年，最直接的后果就是影响怀孕。如果输卵管完全不通，就会造成不孕症。如果输卵管通而不畅，就会造成宫外孕.
