1、肠道内感染
可由病毒、细菌、真菌、寄生虫引起，以前两者多见，尤其是病毒。
a、病毒感染寒冷季节的小儿腹泻80%由病毒感染引起。病毒性肠炎主要病原为轮状病毒，其次有诺如病毒、星状病毒、科萨奇病毒、埃可病毒、冠状病毒等。
b、细菌感染①致腹泻大肠杆菌包括：致病性大肠杆菌，产毒性大肠杆菌，侵袭性大肠杆菌，出血性大肠杆菌及粘附-聚集性大肠杆菌。②弯曲菌与肠炎有关的弯曲菌属有空肠型、结肠型和胎儿型3种，95%～99%弯曲菌肠炎是由胎儿弯曲菌及空肠弯曲菌引起的。③其他包括耶尔森菌，沙门菌(主要为鼠伤寒和其他非伤寒、副伤寒沙门菌)、嗜水气单胞菌、难辨梭状芽胞杆菌、金黄色葡萄球菌、绿脓杆菌、变形杆菌等。
c、真菌致腹泻的真菌有念珠菌、曲菌、毛霉菌等。婴儿以白色念珠菌多见。
d、寄生虫常见为蓝氏贾第鞭毛虫、阿米巴原虫和隐孢子虫等。
2、肠道外感染
有时引起消化功能紊乱，亦可产生腹泻症状，即症状性腹泻。年龄越小越多见。腹泻不严重，大便性状改变轻微，为稀糊便，含少许黏液，无大量水分及脓血，大便次数略增多，常见于上呼吸道感染、支气管肺炎、中耳炎等，随着原发病的好转腹泻症状渐消失。
使用抗生素引起的腹泻：常表现为慢性、迁延性腹泻。由于长期使用广谱抗生素，一方面使肠道有害菌，耐药金葡菌、难辨梭状芽胞杆菌、绿脓杆菌等大量繁殖，另一方面使双歧杆菌等有益菌减少，微生态失衡而出现腹泻，大便的性状与细菌侵袭的部位有关，病情可轻可重
