所谓“单纯HPV阳性”是指宫颈细胞学或液基细胞学、宫颈活检后病理诊断均为阴性（也就是“正常”或“慢性炎”一类），仅仅HPV检测为阳性，或某个，或某几个亚型为阳性。
首先，应该注意的是HPV的检测方法。
HPV的检测方法有很多种，常见的有用细胞涂片或活检组织做免疫组化、原位杂交或用阴道分泌物基于PCR的DNA或mRNA检测。前2种主要用于病理科，临床一般常用的是第3种方法。临床常用的第3种方法，是取阴道分泌物，通过PCR或某种信号放大技术进行检测。这种方法非常的灵敏，特别是PCR技术，理论上可以检测1个拷贝（copy）的病毒DNA。全球大规模调查发现，如果用PCR技术检测HPV，在正常人群中大约可以有20-40％的阳性。
为了解决这个问题，目前临床上检测HPV的方法，通常需要设定一个阈值（如下图）。阈值设定的原理是尽可能包含所有的发病者，而不仅仅是技术能够检测到病毒DNA。每种不同的检测方法，其设定的阈值是不尽相同的，但都是通过大规模的临床病理对照，通常是在全球范围内进行几十万分或百万分调查后设定的。美国FDA批准上市能够应用的HPV检测方法有HC2，Cervista，Cobas和Aptima，共4种。其中，前2种不能进行分型，后2种可以检测14种高危HPV亚型，并能单独分出HPV16和18亚型。目前，国内临床进行HPV检测的方法至少有30个以上，我们不能够通过文献找到这些方法是如何设定阈值的。如果阈值设定的不合理或过低，如下图黄线显示的，从技术上看，确是是检测到HPV DNA了，但却包含了大量的“正常携带者”。
因此，当你拿到一份HPV的检测报告时，首先，你需要确定，你的检测用的是什么方法。分辨它们其实也很简单。国际通行的检测方法中，HC2的检测结果为一个数值，Cervista为分组，cobas和aptima只能分出16和18亚型，其它12个亚型是不分的。如果不是这样的结果，就不是国际通用方法检测的。
其次，即便是真实的HPV阳性，天也塌不下来。
因为，HPV感染具有自限性。也就是说，像其它的病毒感染一样，如感冒，能够自行恢复，因而，HPV感染常常表现为“一过性”感染。如下图，黑色柱表示HPV感染率，在15-19岁，30-34岁这2个年龄段HPV感染率最高，这对应了性活动高峰年龄段。但每个年龄段至少有1/3的可以被自行清除，如灰色柱表示的，大部分年龄段的清除率在50％以上。也就是说，有30-50％以上的机会，HPV感染是可以自行清除的。这主要是依赖机体的局部免疫功能，而目前并没有有效的针对病毒的治疗药物。
HPV的清除是需要时间的。大约50％的人可能在半年内转阴，70-80％可能在1年内转阴，而剩余的20-30％可能需要2-3年的时间才能变为正常。因此，短时间内不需要反复去做HPV测试，因为不会在短期内消失。
最后，需要注意的是，由于各种不同的原因，部分人HPV可能变成持续性感染。HPV的持续性感染是导致病变的最危险因素。
正常情况下，机体可以通过局部免疫系统清除病毒。因此，当机体局部免疫功能受损，如合并其他炎症，尤其是其它病毒感染如疱疹病毒、巨细胞病毒等，容易使感染持续。当整个机体处于免疫抑制状态，如合并红斑狼疮、肾移植等使用免疫抑制剂、使用抗肿瘤药物等，也肯定容易成为持续感染。合并感染HIV（艾滋病），则肯定容易导致宫颈癌的发生。因此，要能够清除体内病毒，保持健康的生活方式，使机体免疫功能保持正常状态，保持局部清洁卫生防止出现其它感染等是非常重要的，比各种所谓的抗病毒药物要有效的多。
一般情况下，当病毒持续2年依然阳性，就需要进行检查了。这里需要注意的是，是相同类型的HPV，比如HPV16型。而如果现在是HPV的其它型，2年后查到的是HPV16型，这个是表示出现了一次新的感染，而并非持续感染。
现行的HPV检测方法，通常都是检测HPV的高危型（能够导致宫颈癌的HPV类型），而一般的低危型是意义不大的。如果检测出现HPV16和18同时阳性，是需要进行进一步检查的。
简单的说，当宫颈细胞学检查为阴性，宫颈活检做病理检查也为阴性，仅仅为HPV检测阳性，这并不说明存在病变，而常常仅为病毒携带状态。由于国内不同医院多种检测方法并存，可能大幅度增加了这种情况。即便真的HPV阳性，在多数情况下，也能够被机体清除，HPV的感染是自限性的。HPV的分型是有意义的，如果仅仅是低危病毒（HPV6/11）感染，是不需要治疗的，等待自然康复，但如果是HPV16和18同时感染，是需要到医院进一步检查的。
。
