第一期：病初与一般上感咳嗽相似，患儿可伴有轻微发热、打喷嚏、流涕等上感症状，此时病菌在气管、支气管粘膜上生长繁殖，刺激呼吸道粘膜，引起呼吸道粘膜炎症，把这个阶段称做为卡他炎症期，此期历时约1～2周。
第二期：于病程约2周起出现典型阵发性痉挛性咳嗽，表现为成串的紧接不断的咳嗽，连续十几声至数十声，作一口长吸气，相继出现鸡鸣样回声，至吐出呼吸道中粘稠分泌物为止。由于咳嗽剧烈，还可见到面部浮肿、甚至发紫、两眼鼓出、泪涕交流、眼结膜出血、舌下系带溃疡等。此时“痉咳”、“回声” ，是由于呼吸道中粘稠的分泌物刺激粘膜内神经末稍及吸气时空气经过痉挛的声门所产生的。这个阶段可称做百日咳的痉咳期，此期历时2～8周。
第三期：随着阵发性痉咳逐渐减少或消失，气管、支气管粘膜上的病菌被排除与消灭，疾病进入恢复健康的阶段，我们所以把这个阶段叫作恢复期，此期约历经2～3周。
