1、潜伏期 潜伏期为5～21天，一般为7～14天。
2.分期 典型病人的全过程为6～8周，临床可分为3期： （1）卡他性阶段 从发病到出现痉挛性咳嗽，一般为1～2周。开始时，症状类似于感冒，除咳嗽外，还可能有流鼻涕、打喷嚏、低热，或仅有干咳。当其他症状逐渐消失时，咳嗽就会加重，一天比一天轻，一天比一天重，并逐渐变成痉挛性咳嗽。(2) 痉挛性咳嗽期 通常为2至4周或更长（数天至2个月以上）。这个时期的特点是阵发性、痉挛性咳嗽。咳嗽成串发生，咳嗽十余次或数十次，直至咳出痰液或吐出胃内容物，随后深长吸气，发出鸡叫般的吸气吼声。咳嗽剧烈时，可出现大小便失禁，握拳屈肘，睁眼，面红耳赤，眼泪和鼻涕交换，头向前倾，张口伸舌，嘴唇发青等。表情是极其痛苦的。表情是极其痛苦的。越轻越重，一天几十次，晚上越多。跑步、吃饭、受凉、抽烟、哭闹等时都会被触发。发作前一般无明显预感。(3)恢复期 一般1～2周，咳嗽发作次数减少，咳嗽程度减轻，不再发生阵发性痉挛。但如果遇到烟雾等刺激，或有呼吸道感染时，阵发性痉挛性咳嗽会反复发作。
3.患有百日咳的新生儿和小婴儿往往没有典型的痉挛性咳嗽，而是经常咳嗽几声后发绀，这可能导致窒息和惊厥。呼吸动作可能在呼气阶段停止，心脏首先增大，然后减慢甚至停止。病人的心脏会减慢甚至停止。如果不及时用人工呼吸和氧气进行抢救，病人可能因窒息而死。
4.成人百日咳 近年来，青少年和成人百日咳的发病率有所上升。一批经细菌培养确诊的成人百日咳患者，平均年龄35岁，其典型症状是痉挛性咳嗽，然后是呕吐，但也可以只有几周的干咳，并发症很少。大多数患者仍能坚持工作，虽然他们本人没有什么痛苦，但他们会成为传染源，特别是威胁到儿科患者，应予以重视。
