避孕药的副作用，可能会导致内分泌紊乱、月经不调、闭经、不孕、或者肠胃不适、头痛、体重增加、神经紧张、情绪低潮、皮肤色斑和粉刺等。避孕药在一年内不能超过三次，每个月之间只能用一次。
任何紧急避孕药含有大量的激素，是在常规避孕失败的情况下不得已采用的措施。易导致内分泌紊乱，有可能会扰乱月经周期甚至闭经。建议一年的服用次数不超过三次。而且吃了紧急避孕药要半年以后才可以备孕的。
紧急避孕药内含有的雌激素水平很高，一次紧急避孕的药量相当于8天常规短效口服避孕药的药量，服用量过大，会产生肠胃不适，月经周期紊乱，卵巢抑制等现象，破坏了正常的月经，造成内分泌紊乱。如果长时间服用，严重者还会造成闭经，这样会影响排卵从而影响怀孕。一般一年最多吃3颗。可采取如：避孕套、上环等安全有效措施进行避孕。
服用紧急避孕药，每月最好只能1次，一年内也不要超过3—4次，而且应严格遵循它的适应症。下一次性行为时一定要采取常规的避孕措施。同时要注意，即使是正确使用紧急避孕药，也有避孕失败的可能。因此服用紧急避孕药后，下次月经推迟一周仍未来潮，应去医院检查，以排除妊娠。
