最常检查的是T3、T4、FT3、TF4和TSH。T3、T4都是甲状腺分泌的甲状腺素，它们能和血清里的蛋白结合，但是要发挥作用的时候，就必须和血液里的蛋白分开来，所以测定游离的甲状腺素FT3、FT4更能反映甲状腺的功能。TSH是大脑垂体分泌的促甲状腺激素，它就像大脑派出的调度员去调节甲状腺工作，如果身体里的甲状腺素少了，就是甲状腺功能减退的时候，TSH就升高，促进甲状腺多生产一点甲状腺素；相反，甲亢病人因为身体里的甲状腺素本来就过多，所以TSH会减低。上海第十人民医院甲状腺疾病诊治中心殷志强
一些抗体指标比如TPO-Ab、TG-Ab和TR-Ab。甲状腺慢性炎症的病人需要检查TPO-Ab和TG-Ab，因为这两个指标反应了患者的炎症状态，有时候在治疗一段时间后，这两个指标可能会有所下降，但是一般不会降到正常。对于怀疑是甲状腺机能亢进的患者还需要检查TR-Ab，异常升高可提示原发性甲亢。
除了以上8个指标，有时候医生还会针对不同的患者开出降钙素（CT）、甲状腺球蛋白（TG）、甲状旁腺素（PTH）等指标，具体指标的意义应该结合病情具体分析。
