对于正常鼓膜患者，咽鼓管是中耳与外界环境沟通的惟一管道。咽鼓管阻塞是造成分泌性中耳炎的重要原因。正常情况下，中耳内、外的气压基本相等。当咽鼓管由于各种原因出现通气功能障碍时，中耳的气体被黏膜吸收，中耳出现负压从而导致中耳黏膜的静脉扩张，通透性增加，血清漏出聚积于中耳，从而形成中耳积液。咽鼓管通气功能障碍又分为机械性功能障碍和功能性功能障碍两种。
1.机械性阻塞
鼻咽部各种良性或恶性占位性病变(如：腺样体肥大、鼻咽癌、鼻咽纤维血管瘤等)，鼻腔和鼻窦疾病(如：慢性鼻窦炎、巨大鼻息肉、肥厚性鼻炎、鼻中隔偏曲等)，长期的鼻咽腔填塞，咽鼓管咽口粘连，代谢障碍性疾病(如：甲状腺功能减通等)，以及很少见的鼻咽白喉、结核、梅毒和艾滋病等特殊感染均可因直接压迫、堵塞咽口或影响淋巴回流，造成咽鼓管管腔黏膜肿胀等从而引起本病。
2.功能性通气功能障碍
小儿的腭帆张肌、腭帆提肌和咽鼓管咽肌等肌肉薄弱，收缩无力，加之咽鼓管软骨发育不够成熟，弹性较差，当咽鼓管处于负压状态时，软骨段的管壁甚易发生塌陷，导致中耳负压。细菌病毒感染、放射性损伤、先天性呼吸道黏膜纤毛运动不良、原发性纤毛运动障碍等原因，引起咽鼓管表面活性物质减少，从而致咽鼓管开放阻力加大，也被认为是分泌性耳炎的原因之一。此外Ⅰ、Ⅲ型变态反应均可能引起分泌性中耳炎，可能与过敏引起的咽鼓管黏膜水肿，管腔闭塞有关。
婴幼儿易患分泌性中耳炎与婴幼儿特殊的解剖结构有关。新生儿的咽鼓管短、宽而平直，鼻咽部的分泌物易经咽鼓管进入中耳引起炎症。分娩时难产、臀位、室息时作过人工呼吸的新生儿，羊水常易进入中耳内。母体患妊娠中毒症、先兆子痫或产前出血者，羊水也易进入中耳发生感染引起中耳炎。新生儿哺乳不当容易逆乳，特别是取平仰卧位用奶瓶人工哺养者，逆乳时乳汁潴积于鼻咽腔，经咽鼓管进入中耳引起中耳炎。
