过去使用最多的是涂蜡纸杯子，它是用蜡浸泡过的，只可以装冷饮，不能装含油的东西，因为油能溶解蜡。蜡在40℃左右就会融化，而蜡含致癌物质多环芳烃。
现在使用最普遍的是纸塑杯，外面是一层纸，里面是一层淋膜纸，是一种内聚乙烯塑料膜。外层虽然是纸，但接触食品的却是内层塑料膜，因此这种杯子是定义为纸杯还是塑料杯，存有争议。在检测方面，既检测纸又检测塑料质量。
没有了蜡，人们可能会觉得纸塑杯安全了。其实它存在的危险因素最多。外层纸的卫生隐患就很突出。外层含水的话，就会形成霉菌，纸杯子叠加套在一起，外面有霉菌了必然会污染里边。在用纸杯子时一定要看看是否变潮发霉。其次，就是外层印刷的油墨，刺激味大，一般是油墨的味道，味道大可能就是不达标。不少油墨成分中含有苯和甲苯，苯是公认的致癌物。美国和日本等国家都在使用非苯油墨，我国仍在使用含苯油墨。
有些纸杯可能是利用废纸做的，为了让纸杯子看起来更加白，在生产时，厂家会使用漂白剂。有些厂家还可能会使用荧光粉来增加白度。按照国家规定，食品用纸是不允许使用荧光粉的。因此说，纸杯子越白越不安全。
里侧的塑料膜，如果是食品级塑料，符合国家要求还可以，如果使用工业塑料，为了增加杯子韧性和刚度，纸杯会添加增塑剂。如果添加剂量过大或使用非法增塑剂，卫生状况就难以保证。
董金狮建议，一次性纸杯最好少用和科学使用，同色纸杯，装热饮好，遇热变硬。塑料杯遇冷变硬，装冷饮较好。纸塑杯不能装油性的东西，油能渗透塑料;由于荧光粉、油墨渗透性很强，会污染食物，因此方便面纸盒子尽量不要在微波炉中加热使用。
高温烘烤会毒伤肝肾
一般市面上常会看见有摊商贩卖用纸杯装盛烘烤的酥皮浓汤，但有专家却表示，纸杯最多能承受的耐热度只有100度，绝对经不起烤箱高温烘烤，饮用这种纸杯烘烤的酥皮浓汤，会把塑毒喝下肚，造成肝肾负担。
台湾林口长庚医院的毒物科主任林杰梁指出，纸杯经高温哄烤后，“纸杯塑料膜本身会被破坏掉，破坏掉的同时，可能有些有机溶剂，还是制造塑料膜的材质，一些原料就会跑出来，长期来讲对肝肾其实都不好的。”
一般市售纸杯大多都是由纤维材质纸浆所制成，再将内层涂上胶膜使用;因此耐热温度都在100度以内，如果杯身再薄一点的话，耐热度甚至不到70度。
而一般烘烤酥皮浓汤的烤箱温度最少都有220度以上，纸杯在耐不住高温的情况下，所溶出的塑毒即会对人体造成伤害。
