染色體變異
受精並非精子和卵子的簡單結合。23對染色體必須成功結合才能構成一個胚胎。在這複雜的結合過程中，一個小小的錯誤就會導致基因的嚴重變異。而基因變異導致的直接結果就是胚胎無法存活。如果結合過程中的錯誤發生得較早，你可能根本察覺不到自己懷孕，受精卵就被排出體外了，而形式就像來了一次月經;如果發生得較晚，其結果將是萎亡孕卵，甚至是一個沒有心跳的胎兒。
有將近3/4的流產是由染色體變異引起的，但這並不影響下一次的正常妊娠。然而，值得注意的是，隨著年齡的增長，出現染色體變異的可能性也會隨之增加。有關研究顯示，女性在25歲時，卵子的染色體出現變異的幾率是17%;在40歲時，這一幾率就上升到了75%。這也就是為甚麼35歲以上女性懷孕後容易出現流產及胎兒先天缺損等問題的原因。
激素分泌失調
正常排卵依賴於各種激素的正常分泌，每種激素都在其中發揮著重要作用。15%的習慣性流產患者存在月經期激素分泌失調的症狀，即某一種或幾種激素分泌過多或過少，最常見的情況是黃體酮和雄性激素出現問題。以黃體酮為例，如果這種激素分泌量不足將導致受精的卵子無法正確地在子宮內著床。美國休斯頓市貝勒醫學院婦產科教授SandraCarson指出：卵子發育異常有可能導致黃體酮分泌不足。
醫生可以通過子宮內膜活組織切片檢查較為精確地診斷出激素分泌失調的病症，這種檢查通常在一個月經週期末尾的時候進行。治療的方法一般是服用藥物，改善卵子發育的狀況，進而改善激素的分泌。
