發達國家的小兒肺炎以病毒病原為主，發展中國家小兒肺炎以細菌病原為主。一般支氣管肺炎由細菌所致者，流感嗜血桿菌和肺炎鏈球菌佔細菌性肺炎的60%以上。
葡萄球菌也是一種重要致病菌。鏈球菌、大腸桿菌、肺炎桿菌、綠膿桿菌在嬰幼兒肺炎中較少見。細菌毒力與細菌的結構有關，有莢膜細菌可以抵禦噬菌作用，毒力較大。同一種細菌按莢膜成分不同的而分類若干血清型。不同型細菌的莢膜不同，毒力也不同。流感嗜血桿菌分為a-f六個血清型。其中b型毒力最大，是小兒敗血症、腦膜炎和肺炎的主要致病菌之一，莢膜多糖為核糖磷酸。流感嗜血桿菌引起的小兒肺炎常繼發於支氣管炎、毛細支氣管炎或敗血症，3歲以前較為多見。無莢膜的流感嗜血桿菌為不定型，毒力小，一般只引起上呼吸道感染。β溶血性鏈球菌可以在麻疹或百日咳病程中作為繼發感染出現，但不多見，而其中B族溶血性鏈球菌是國外新生兒肺炎的常見病原菌，國內尚未引起足夠重視。凝固酶陽性的金黃色葡萄球菌也是小兒重症肺炎的常見病原菌。凝固酶陰性葡萄球菌(主要指表皮葡萄球菌)近幾年來國內分離較多，但因其為條件致病菌，培養過程中易汙染，須結合臨床判斷是否確為肺炎的病原菌。大腸桿菌所引起的肺炎主要見於新生兒及營養不良的嬰兒，也可繼發於其它重病的過程中，肺為桿菌肺炎及綠膿桿菌肺炎較少見，一般均為繼發性。
間質性支氣管肺炎大多數由於病毒所致，主要為腺病毒、流感病毒、副流感病毒、呼吸道合胞病毒和麻疹病毒等。間質性支氣管肌炎也可由於流感嗜血桿菌、百日咳桿菌、鏈球菌中某些型別及肺炎支原體所引起。
