引起感染：婦女服用抗孕藥物後，子宮腔內的胚囊組織可在當天排出，有時妊娠組織物排出不全，子宮膜復舊欠佳，陰道出血時間較長，可持續2—3周，甚至1—2個月。長期慢性失血可引起貧血，使身體抵抗力下降。這時，細菌往往由陰道逆行，而引起子宮內膜炎症。
流產不完全：有的女性用藥後因不完全流產，影響子宮收縮及子宮內膜創面的修復，使陰道流血量明顯增多，超過平時月經量的2~3倍，嚴重者還可出現大出血，導致貧血、休克，此時需輸血並緊急手術刮宮止血等。
月經失調：抗孕藥物可以抑制卵巢的功能，影響卵泡的生長髮育甚至排卵。個別女性藥物流產後，可發生月經失調，表現為月經週期縮短或延長，月經量增多。
藥物流產的危害還會影響以後的正常妊娠，未婚婦女如反覆妊娠、反覆流產，可造成子宮內膜反覆受損。由於子宮內膜有損傷，一旦她們需要正常妊娠，易發生前置胎盤，可引起產前大出血，也有些女性由於多次人工流產而出現習慣性流產。
因此，藥物流產並不是人人都適用的，考慮到藥物流產的危害，女性朋友最好根據醫生的建議選擇流產方式，保障自己的安全，最大限度的降低對身體的傷害。
