1.引發炎症：由於藥流後子宮腔內的胚囊組織可在當天排出，有時妊娠組織物排出不全，子宮膜復舊欠佳，陰道出血時間較長，可持續2-3周，甚至1-2個月。長期慢性失血可引起貧血，使身體抵抗力下降。這時，細菌往往由陰道逆行，而引起子宮內膜炎症。
2.成功率低：自近幾年來，很多因藥流不清，到醫院做清宮手術而導致不孕，引起婦科炎症的例子比比皆是。應用於藥流的米非司酮誕生才短短十幾年的時間，臨床試驗還不夠充分。成功率僅為75%。
3.造成不孕：藥流易導致輸卵管堵塞，宮頸粘連，造成不孕;藥流不乾淨，清宮手術不當，也有可能造成不孕;藥流對子宮和卵巢的傷害過大，因此也是造成不孕的原因之一。
4.反覆的藥物流產，尤其是短時間內的，是非常有害的：
(1)首先要了解，使用的藥物RU486是孕激素受體拮抗劑，通過“干擾”內分泌才起作用;
(2)卵巢等“干擾”後是需要時間來恢復的，否則難免發生紊亂;
(3)藥物流產所造成的出血等是對身體的直接損害;
(4)由於局部損傷，出血，抵抗力低等，還可造成感染;
(5)藥物本身就是激素，有肯能完全流產後,卵巢內會長囊腫，需要吃桂枝茯苓膠囊。需要強調指出的是，不少婦女尤其是未婚婦女，往往存在一種錯誤認識，以為藥物流產宛如月經來潮一般，不會影響健康，以致不重視採取有效的避孕措施;一旦發現懷孕便要求藥物流產，有的一年內做二三次，顯然會損害健康。
