藥物流產是規定了嚴格的使用時間的，適用於終止49日以內的妊娠，就是懷孕時間不超過49天的女性才可以進行藥物流產。49天內就是從末次月經算起的一個半月內。而藥物流產的最佳時間就是在懷孕49天內。因為在剛開始妊娠的49天內，子宮的增大不是很明顯，而且妊娠組織液也不多，胎兒比較小，在妊娠的49 天以內做藥流，也能減少一些藥流可能帶來的危險性，但是，為了確保自己的安全，在藥流後，還需要留院觀察一段時間，看妊娠組織是否乾淨，藥流不全而又不及時處理的話可能造成大出血。
當然妊娠49天內也只是一個參考的藥流時間，具體甚麼時候做藥流還要依據B超的檢查結果，當孕囊達到一定大小做藥流才合適，並不是人們通常認為藥流越早做越好。但是若懷孕超過49天，是不允許進行藥流的，這是由於子宮內的孕囊，會隨著懷孕天數的增加而逐漸長大，結果單憑藥物是無法將孕囊完全排出體外的，而且很容易造成大出血，甚至威脅到生命安全，因此，準備藥流的女性一定要把握好時間。
