生殖器皰疹經過潛伏期後，男性好發於龜頭、冠狀溝、陰莖、尿道口、陰囊和大腿、臀部等處，女性好發於陰唇、子宮頸、外陰肛周等處，出現紅斑伴群集瘙癢性丘疹並迅速變為水皰或膿皰。3~5天后破潰，形成糜爛或潰瘍，而後結痂痊癒。自覺局部灼熱感、瘙癢、疼痛明顯，並可有排尿困難(常常併發膀胱炎)及步行困難，這是由於局部充血水腫所致。還會同時侵犯子宮頸，出現陰道分泌物增多或下腹痛，並可併發宮頸炎和子宮炎。也可累及直腸黏膜。常伴有淋巴結腫大、壓痛，大多數男女患者雙側腹股溝淋巴結腫大。
此病女性多於男性，症狀也較男性嚴重。在本病患者中約10%有咽炎，10%男性與26%女性的原發性生殖器皰疹患者同時伴有生殖器以外的病損，主要在口唇、手指、臀部、大腿、手臂等處，常見於生殖器出現皰疹後的第2周，大多是受感染的生殖器部位的病毒自身接種而致。
