鹽水清唱雖然好處多多，但是有一定的副作用，大家需要注意：
1、導致腸道功能會紊亂。一般食物進入體內，先經過小腸消化吸收，這個過程只需要幾個小時的時間，然後食物進入大腸成為垃圾，第二天早上使用鹽水清腸，是完全不能阻止人體對食物營養的吸收，更談不上能夠減肥。雖然鹽水清腸短時間內能夠有效改變便秘情況，但是不能起到根治的作用。
頻繁使用鹽水清腸這種人工導洩的方法，可能會破壞腸道菌群，使得腸道功能紊亂， 而且長期使用會越來越沒有效果的，就跟喝瀉藥一樣 。
2、導致電解質紊亂。很多人使用過後都反應在1-2個小時內大量排洩，體重減輕，所以認為通過這樣的方法使腸道變得更加乾淨而因此達到減肥的效果。實際上是因為電解平衡造破壞後導致的腹瀉，從鹽水成分上講基本是由水分子，鈉離子，氯離子還有水中少量的鈣鎂離子組成。
這些離子攝入過多會影響體內的電解質平衡，增加腎臟的負擔，因為腎臟要負責維持血液中離子處於平衡狀態。同時也直接加大了小腸上皮細胞的工作量，因為不管是水分子還是離子都是通過這些細胞被吸收的。如果鈉離子進入血液也會造成血壓的改變，嚴重者容易引發腦血管疾病。
3、導致水腫。長期鹽水清腸會導致水腫，比如有些個體的腸道吸收能力很強，把鹽水都給吸收了，大量鹽分攝入會改變滲透壓，導致自己的腳踝腫，眼皮腫，還有腳都腫起來。特別是對於一些腎臟功能不是很好的人群，或者是本身有高血壓的老年人，都是相當危險的。
綜上所述，所謂的鹽水清腸毒法，其實就是自己刻意製造的腹瀉，如同服用瀉藥一樣，腹瀉產生的過程中，大腸內大便的確有一定的軟化，並且形成排便的衝動，但是這種方法並不能如大家所期待那樣清洗腸道毒素，同時由於這種方法可能會破壞體內的電解質平衡。
