1、診斷的風險
羊水穿刺的診斷風險，說的是羊水穿刺並不是100%能夠得到正確的診斷結果。經大量醫學資料表明，抽取羊水進行唐篩檢查只能幫助判斷胎兒患有唐氏症的機會有多大，但不能明確胎兒是否患上唐氏症。另一方面，即使化驗指數正常，也不能保證胎兒肯定不會患病。篩查的目的不是診斷某一種疾病，而是篩選出患某一疾病可能性較大的人。
2、羊水穿刺危險性
羊水穿刺檢查方法對母親或胎兒造成風險的可能性在0.5%到1.5%之間。因此不是每個孕婦都需要羊膜穿刺術。還有另外一個重要的缺點：這種羊膜穿刺術要等胎兒發育到十六週至二十週之間才能實施，就算是發現胎兒有遺傳性疾病，但很難決墜胎。
3、羊水穿刺的併發症
在早期發表的研究報告指出，因羊水檢查而導致胎兒死亡的機率約1.5～3.5%。而根據目前最新的研究報告則指出，若是單胞胎接受羊膜腔穿刺，胎兒死亡機率為0.6%;若是雙胞胎接受羊膜腔穿刺，則機率提高到2.7%。
4、可能的副作用
約有2～3%的孕媽咪在穿刺後會出現輕微的子宮收縮及陰道流血，可能會出現陰道血、羊水溢出或子宮持續性收縮，約佔2%的孕婦會發生自發性流產，約佔0.3%至0.5%。僅約有0.5%的孕媽咪會出現羊膜炎、胎膜破裂及流產。 ...
