藥物流產避免了手術流產的疼痛以及發生某些併發症，但其具有以下的危害性：
1、流產失敗。如用藥8天后未見胎囊排出體外，經B超檢查證實子宮內仍有妊娠組織，這意味著流產失敗，必須到醫院進行清宮手術。
2、失血過多，甚至可危及生命。部分使用藥物流產的女性，會出現失血過多的情況，如不及時清宮、輸血，甚至可危及生命。
3、胃腸道反應。胃腸道反應為米非司酮藥物較為常見的不良反應之一。在服藥的過程中，部分女性可出現噁心、嘔吐、腹痛、腹瀉等表現，並常常伴有輕中度發熱的症狀。針對此反應，輕者可繼續觀察，無需特殊處理;重者應臥床休息，並要配合醫生的治療。
4、迷走神經興奮症狀。個別女性在服藥後，可在數分鐘內出現煩躁不安、面色蒼白，大汗淋漓、胸悶、心悸、心動過緩等迷走神經興奮症狀。
