1、引起感染：藥物流產需要的時間較人工流產長，有時妊娠組織物排出不全，子宮膜復舊欠佳，陰道出血時間較長，可持續2-3周，甚至1-2個月。長期慢性失血可引起貧血，使身體抵抗力下降。這時，細菌往往由陰道逆行，而引起子宮內膜炎症。
2、影響生育：可造成子宮內膜反覆受損。由於子宮內膜有損傷，日後女性懷孕時，就容易發生前置胎盤，可引起產前大出血，由於多次流產也有的女性會出現習慣性流產。
3、影響卵巢功能：抑制卵巢的功能，影響卵泡的生長髮育甚至排卵。藥流的危害有甚麼?有些婦女藥物流產後，可發生月經失調，表現為月經週期縮短或延長，藥物流產對身體的危害有月經量增多。
4、不完全流產：並不是所有的女性都適合用藥物流產，如果出現藥物流產不全，就會影響子宮收縮及子宮內膜創面的修復，使陰道流血量明顯增多，超過平時月經量的2~3倍，嚴重者還可出現大出血，導致貧血、休克，此時需輸血並緊急手術刮宮止血等。
