一般比較輕的生理性腹瀉無需治療，媽媽可以繼續哺乳。這樣寶寶機體會逐漸適應母乳中的前列腺素，乳糖酶亦會逐漸發育成熟，酶的活性增加，逐步能夠分解、消化和吸收乳糖，並隨著增加輔食逐漸好轉。
在飲食方面，可以喂鮮豆漿100ml加5g葡萄糖代乳，對於生理性的腹瀉即可得到控制。豆漿餵養不宜長期單獨應用，宜逐步加魚蛋白。具體方法是用180ml米湯衝調5g魚蛋白，一般來說，寶寶每日餵哺3頓就可以了。
對於嚴重的母乳性腹瀉，應該及時帶寶寶到醫院進行治療。一般可以使用中藥治療，同時也可以使用針灸的方法進行治療，效果很好。
需要提醒的是，寶寶腹瀉經過治療，病情有所好轉以後，也不能短時間恢復到原來的飲食，要慢慢添加，以免再次引起腹瀉，媽媽應該縮短每次哺乳的時間。如再次發生腹瀉，治療就更困難了。
