母乳性腹瀉一般有兩種原因造成：
1、可能是母乳中的前列腺素含量較高，促進小腸平滑肌運動，增加水和電解質的分泌而產生稀便。
2、可能是寶寶對乳糖不耐受，體內缺乏乳糖酶。乳糖不耐受分原發性和繼發性兩類，可用醋酸鉛法測定患兒糞便中乳糖量以初篩，再用去乳糖飲食後迅速見效來證實。
出現所謂生理性母乳性腹瀉時不要為了大便成形而改喂牛奶。嬰兒機體會逐漸適應母乳中的前列腺素，乳糖酶亦會逐漸發育成熟，酶活性增加，就能分解、消化和吸收乳糖，並隨著增加輔食逐漸好轉。另外注意小兒不要捂奶頭，每側乳房基本吸空後，如繼續吸吮，乳汁中脂肪量會增加，容易引起脂性消化不良，主張要吸就吸，不吸就停。每次10分鐘左右，飽滿的乳房即可基本吸空。
