一、發病原因
其發生的原因目前認為主要是因為新生兒膽紅素代謝的腸-肝循環增加有關，由於母乳本身造成，推測主要原因有：
1、母乳中含有孕3α-20β二醇母乳性黃疸患兒母親母乳中含有孕3α-20β二醇抑制了肝臟葡萄糖醛酸轉移酶的活性。
2、母乳中不飽和脂肪酸含量高母乳性黃疸患兒母親母乳中不飽和遊離脂肪酸的含量增高，對肝臟葡萄糖醛酸轉移酶產生抑制。
3、母乳中β-葡萄糖醛酸苷酶的活性高母乳中β-葡萄糖醛酸苷酶的活性大大高於牛奶及配方奶，使已結合的膽紅素再分解，小腸重吸收增加，至腸-肝循環增加。β-葡萄糖醛酸苷酶在其中起主要作用。
二、發病機制
最近幾年研究認為，母乳性黃疸是在多種因素作用下，由膽紅素腸-肝循環增加所致，這種學說較為成熟，並得到驗證，β-葡萄糖醛酸苷酶(β-GD)在發病機制中起主要作用。
1、新生兒腸道內β-GD豐富腸道內β-GD主要來源為母乳(新生兒自身也可產生，正常腸道菌群建立後也可產生，但產生較少)，β-GD分解結合膽紅素，還原為未結合膽紅素，經小腸再吸收進入腸-肝循環，使血清未結合膽紅素增多，引起黃疸。
2、腸內β-GD活性高新生兒小腸中β-GD活性高，為成人的10倍。
3、膽紅素排洩少新生兒攝入不足，腸內蠕動減少或開奶延遲，腸道菌群建立晚，缺乏轉化膽紅素的菌群，可使結合膽紅素排洩減少。
4、膽紅素重吸收多有人發現母乳中有特殊的脂肪酸、膽固醇，促進了未結合膽紅素的重吸收。
