病因包括胚胎因素、母體因素、免疫功能異常和環境因素。
1.胚胎因素
染色體異常是早期流產最常見的原因。半數以上與胚胎染色體異常有關。染色體異常包括數目異常和結構異常。數目異常以三體居首位，其次為X單體，三倍體及四倍體少見。結構異常主要是染色體異位、嵌合體等，染色體倒置、缺失和重疊也有報道。除遺傳因素外，感染、藥物等因素也可引起胚胎染色體異常。若發生流產多為空孕囊或退化的胚胎。少數至妊娠足月可能娩出胎兒，或有代謝及功能缺陷。
2.母體因素
(1)全身性疾病孕婦患全身性疾病(如嚴重高熱、高熱疾病等)刺激子宮強烈收縮導致流產;引發胎兒缺氧(如嚴重貧血或心力衰竭)、胎兒死亡(細菌毒素和某些病毒：如鉅細胞病毒、單純皰疹病毒經胎盤進入胎兒血循環)或胎盤梗死(如孕婦患慢性腎炎或高血壓)均可導致流產。
(2)生殖器官異常子宮畸形(如雙角子宮、縱隔子宮、子宮發育不良等)、子宮腫瘤(黏膜下肌瘤等)，均可影響胚胎著床發育而導致流產。宮頸重度裂傷、宮頸內口鬆弛引發胎膜早破而發生晚期自然流產。
(3)內分泌異常黃體功能不足、甲狀腺功能減退、嚴重糖尿病血糖未能控制等，均可導致流產。
(4)強烈應激與不良習慣妊娠期無論嚴重的軀體(如手術、直接撞擊腹部、性交過頻)或心理(過度緊張、焦慮、恐懼、憂傷等精神創傷)的不良刺激均可導致流產。孕婦過量吸菸、酗酒、過量飲咖啡等，均有導致流產的報道。
3.免疫功能異常
胚胎及胎兒屬於同種異體移植物，母體對胚胎及胎兒的免疫耐受是胎兒在母體內得以生存的基礎。若孕婦於妊娠期間對胎兒免疫耐受降低可致流產，如父方的人白細胞抗原(HLA)、胎兒抗原、母胎血型抗原不合、母體抗磷脂抗體過多、抗精子抗體存在、封閉抗體不足等，均是引發流產的危險因素。
4.環境因素
過度接觸放射線和砷、甲醛、苯、氯丁二烯、氧化乙烯等化學物質，均可引起流產。
