1、遺傳因素。如果胎兒的染色體的數目或結構異常，就會導致胚胎髮育不良。在自然流產的情況中，特別是懷孕的頭三個月發生的流產，遺傳因素佔了60%-70%，其中流產兒的染色體異常佔50%-60%，夫妻一方或雙方有染色體異常的佔有10%。
2、母體的疾病。孕婦患有不利於胎兒生長髮育的疾病都會造成胎兒流產。
3、外界不良因素。如：孕婦大量吸菸或被動吸菸、喝酒、接觸化學物質或毒物，生活在嚴重的噪聲、高溫和震動的環境中，情緒異常激動等，這些因素都會導致胎盤和胎兒損傷，造成流產。
4、男性的因素。大約有10%-15%的男性的精液中含有一定數量的細菌，是無症狀的菌精症，會引發流產。
女性在自然流產後對妊娠會失去一定信心，如自然流產超過半年仍然沒有懷孕，女性對於妊娠信心會很快減退。有研究表明，自然流產後三個月內再次妊娠者流產率與三個月後妊娠者的流產率相當，大概都是遊離在16%~20%之間，同時，妊娠時間間隔一年以上期流產率明顯高於一年內妊娠者。要因此，若夫妻都希望儘早有小孩，而自然流產後女性身心恢復都完就可以儘早要孩子。
