1.染色體異常
包括夫妻染色體異常和胚胎染色體異常。常見的夫婦染色體異常為平衡易位、羅伯遜易位等。胚胎染色體異常中三倍體最多、其次為多倍體、X單體、常染色體單體、染色體平衡易位、缺失、嵌合體、倒置、重疊等。複發性流產夫婦染色體異常的發生率為4%，而正常人群為 0.2%，其中母源與父源之比為3:1。單次自然流產中胚胎染色體異常為主要原因，隨流產次數的增加胚胎染色體異常發生率減少。
2.母體內分泌失調
(1)黃體功能不全佔23%～60%，基礎體溫雙相型，但高溫相小於11日，或高低溫差小於0.3℃，子宮內膜活檢示分泌反應至少落後2日，黃體期孕酮低於15ng/ml引起妊娠蛻膜反應不良，2～3個週期黃體功能檢測顯示不足，方可納入診斷，黃體功能不全影響孕卵著床。
(2)多囊卵巢綜合徵高濃度的促黃體生成素，高雄激素和高胰島素血癥降低了卵子質量和子宮內膜容受性，容易導致流產發生。
(3)高泌乳素血癥黃體細胞存在泌乳素受體，高泌乳素抑制顆粒細胞黃素化及類固醇激素，導致黃體功能不全和卵子質量下降。
(4)甲狀腺疾病甲狀腺功能低下與反覆發生的自然流產相關。
(5)糖尿病亞臨床或控制滿意的糖尿病不會導致流產，未經控制的胰島素依賴型糖尿病自然流產率增加。
3.母體生殖道的異常
(1)子宮畸形包括單角子宮、雙角子宮、雙子宮及子宮縱隔等。其中尤以子宮不全縱隔最易導致流產及早產。主要由於縱隔部位內膜發育不良，對甾體激素不敏感，血液供應差。
(2)Asherman綜合徵宮腔體積縮小，對甾體激素應答下降。
(3)宮頸機能不全引起晚期流產和早產，是導致妊娠中期流產的主要原因。
(4)子宮肌瘤黏膜下肌瘤及大於5cm肌間肌瘤的與流產有關。
4.生殖道感染
細菌性陰道病患者妊娠晚期流產及早產發生率升高，沙眼衣原體、解脲支原體造成子宮內膜炎或宮頸管炎可致流產。
5.其他
不健康生活方式與流產相關。有學者報道，每天吸菸超過14支的女性，流產風險較對照組增加2倍。酗酒、過量飲用咖啡因以及環境因素如有機溶劑和毒物等的影響。
