引起自然流產的原因主要有：
1、 遺傳因素，由於染色體的數目或結構異常所致的胚胎髮育不良，是流產最常見的原因，在佔全部妊娠15%~20%的自然流產中，遺傳因素可佔60%~70%。，(流產兒染色體異常佔50%~60%，夫婦一方或雙方有染色體異常的約佔10%)。由此可見，遺傳因素是自然流產的最主要的元兇，尤其是懷孕頭3個月內的流產。
2、 外界不良因素的影響，大量吸菸(包括被動吸菸)、飲酒、接觸化學性毒物、嚴重的噪音和震動、情緒異常激動、高溫環境等一切可導致胎盤和胎兒損傷的因素都可造成流產。
3、 母體疾病，母體患任何不利胎兒生長髮育的疾病都可造成流產。
4、 父方因素，有關研究顯示，大約有10%~15%的男性精液中含有一定數量的細菌，可影響孕婦使胚胎流產，近來發現有一種無症狀的菌精症可導致孕婦流產。
自然流產是孕婦的不幸，但從某種意義上講，自然流產正是人類不斷優化自身的一種方式，也正是對孕育著的新生命進行選擇，優勝劣汰是大自然的法則，佔流產50%以上的染色體異常，胎兒早期流產會減少畸形兒的出生，因此，在保胎前應儘可能的查明原因，尤其是習慣性流產，不要盲目保胎。
怎樣減少流產的發生?發生習慣性流產，夫婦雙方應做全面的體格檢查，特別是遺傳學檢查，基因學的發展將會給患有習慣性流產的夫婦帶來福音。找出造成習慣性流產的原因，根據原因加以防止和治療才能有效的控制其發生：
1、 發生流產後半年以內要避孕，待半年以後再次懷孕，可減少流產的發生。
2、 要做遺傳學檢查，夫婦雙方同時接受染色體的檢查。
3、 做血型鑑定包括Rh血型系統。
4、 有子宮內口鬆弛的可做內口縫扎術。
5、 針對黃體功能不全治療的藥物使用時間要超過上次流產的妊娠期限(如上次是在孕3月流產，則治療時間不能短於妊娠3月)。
6、 有甲狀腺功能低下，要保持甲狀腺功能正常後再懷孕，孕期也要服用抗甲低的藥物。
7、 注意休息，避免房事(尤其是在上次流產的妊娠期內)，情緒穩定，生活規律有節。
8、 男方要做生殖系統的檢查。有菌精症的要治療徹底後再使妻子受孕。
9、 避免接觸有毒物質和放射性物質的照射。
