一、染色體異常
染色體異常包括染色體數目異常，如單體、三體、多倍體;結構異常，如斷裂、缺失、易位均可致流產。有人對自然流產和治療性流產進行染色體的研究，發現在自然流產中核型異常者佔60%。核型異常者每伴有胎兒或胎盤等一種結構上的異常。而核型正常者流產的胎兒多正常。
二、內分泌失調
雌激素過多與孕酮不足亦為早期流產的原因。因在妊娠12～14周正處於胎盤形成代替妊娠黃體功能的時期，易有內分泌失調，尤以黃體功能不足。此外，甲狀腺素缺少，使細胞的氧化過程遭受障礙，以及甲狀腺機能亢進與糖尿病等皆易發生流產。
三、胎盤異常與胎盤內分泌不足
早期妊娠時的蛻膜炎可使底蛻膜出血或增生，絨毛上皮細胞及蛻膜細胞被溶解，絨毛內血管阻塞，影響營養物質的吸收與運送，以致孕卵從附著處分離、出血而流產。此外如胎盤內巨大梗塞可使胎盤功能降低，影響胎兒生存;而前置胎盤、胎盤絨毛水腫變性致成流產者亦不少見。妊娠後母血中β-hCG、hPL、P、E2、雌酮，早孕時如這些激素值下降，則50%流產。
四、血型不合
由於以往妊娠或輸血，致Rh因子、不合的ABO血型因子在母體中產生抗體，此次妊娠由胎盤進入胎兒體內與紅細胞凝集而產生溶血，以致流產。
