1、細菌感染：藥物流產後子宮腔內的胚囊組織多在當天排出，有的患者會碰到妊娠組織物排出不全，子宮膜復舊欠佳的狀況，這時候會導致陰道出血時間較長。藥流後長期不規則出血可引起慢性貧血，身體抵抗力降低，容易引起細菌感染。
2、引起大出血：藥物流產的不足之處在於容易導致流產不全，殘餘的胎膜組織會造成血崩，造成大出血，遇到這種情況時須立即入院進行刮宮清理，若得不到及時搶救會出現生命危險。
3、引發習慣性流產：由於藥流的徹底性較差，流產不全可能還需要再次進行流產手術，這樣會造成子宮內膜反覆受損，容易發生前置胎盤，引起產前大出血或習慣性流產。
4、引起痛經的症狀：藥流後有些女性會引發痛經或加重症狀，經期下腹部痙攣性疼痛或持續性疼痛，並伴噁心、嘔吐、腰痠、乳脹、嚴重者甚至發生昏厥。
5、導致月經失調：抗孕藥物可以影響卵泡的生長髮育甚至干擾排卵。個別婦女藥物流產後，可發生月經失調，表現為月經週期縮短或延長，月經時增多。
6、影響生育能力，導致不孕：藥流易導致輸卵管堵塞，宮頸粘連，造成不孕;藥流對子宮和卵巢的傷害過大，也是造成不孕的原因之一。
