內分泌疾病大多伴有內分泌功能紊亂，治療內分泌疾病就是要調整內分泌功能，對於功能亢進的就要使之降低，功能低下的則要使之升高，恢復正常。
(1)對於功能亢進的可採用下面一種或幾種方法進行治療。
①手術切除內分泌腫瘤，或切除大部分增生的內分泌腺體。
②用放射線照射或內服同位素來破壞功能亢進的腫瘤或增生的腺體，如垂體瘤作放射治療，甲亢口服同位素碘。
③用藥物抑制激素的合成，如用抗甲狀腺藥物抑制甲狀腺激素的合成。
④用激素抑制相應的促激素的分泌和製造，達到治療功能亢進的目的，如用糖皮質激素抑制垂體產生促腎上腺皮質激素來治療先天性腎上腺皮質增生症。
⑤用藥物來對抗某一激素的生理作用，使之不能發揮原來的作用，如安體舒通能對抗醛固酮對腎臟保留鈉排洩鉀的作用，因而可以治療醛固酮增多症。
(2)對於內分泌功能減退者，原則上是補充其不足，可採用以下方法。
①補充人體在正常情況下所需要的量，即補充生理劑量激素。如甲狀腺功能減退症補充甲狀腺激素，腎上腺皮質功能減退補充氫可的松，缺乏胰島素的糖尿病用胰島素治療。
②超生理劑量補充暫時性的激素不足。如對急性腎上腺皮質功能減退病人給予較大量的氫可的松，對慢性腎上腺皮質功能減退病人遇到手術、外傷、嚴重感染情況時應加大氫可的松劑量，恢復後再減到原來劑量。
③器官移植，即移植他人的內分泌器官來為病人制造激素。近年來已開展胰腺移植或胰島移植來治療糖尿病，垂體移植治療垂體功能低下。這些方法尚處於探索研究階段，目前還不能普遍開展。
(3)中醫治療。根據中醫的辨證施治原則，對功能亢進者應多注意養陰治療，而對於功能減退者往往表現有氣血兩虛、腎虛等，應給予補血益氣、補腎等治療，可以使病情得以改善。
